Đất chùa ngày nay do Hòa thượng Thích Hồng Tín tạo mãi cho tổ đình Huê Nghiêm, Thủ Đức từ năm 1899. Trước đây, phần đất này dùng để sản xuất lúa gạo cho tổ đình. Sau năm 1975, Hòa thượng Thích Trí Quảng đã cho dựng thảo am, rồi xây chùa Huê Nghiêm 2 để tăng chúng và Phật tử có chỗ nghỉ ngơi, tu học. Năm 1998, chùa Huê Nghiêm 2 được chính thức công nhận.